Universitas Cenderawasih merupakan perguruan tinggi negeri tertua di tanah Papua, tidak terlepas dari perjalanan panjang sejarah pendidikan di Papua. Dengan pendidikan yang terbatas ini tidak mematahkan semangat Pemerintah Indonesia untuk membuka salah satu pendidikan tinggi di tanah Papua, sehingga pada tanggal, 10 November 1962, di kota baru (Jayapura sekarang) berdasarkan Keputusan Presiden RI No.389, tanggal 31 Desember 1962 dan Keputusan bersama WAMPA / Kordinator Urusan Irian Barat (sekarang Papua), dan Menteri PTIP. No.140 / PTIP/ 1962 tanggal 10 November 1962.

Saat itu Irian Barat secara Administrasi masih dibawah Pemerintahan United Nations For Temporary Authority (UNTEA). UNTEA dibentuk oleh dan dibawah yuridiksi Sekertaris Jenderal Perserikatan Bangsa- Bangsa (PBB), yang secara administrasi Papua atau Irian Barat pada masa itu belum secara resmi kembali ke Negara Republik Indonesia dan pada tanggal 1 Mei 1963 Papua atau Irian Barat secara resmi diserahkan ke Negara Indonesia. Dengan demikian Uncen merupakan satu-satunya lembaga Pemerintahan RI yang pertama berdiri di Irian Barat (Papua), di samping perwakilan RI.