Pada mulanya IAIN Alauddin Makassar yang kini menjadin UIN Alauddin Makassar berstatus Fakultas Cabang dari IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Atas desakan Rakyat dan Pemerintah Daerah Sulawesi Selatan serta atas persetujuan Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, Menteri Agama Republik Indonesia mengeluarkan Keputusan tentang penegerian Fakultas Syari'ah UMI menjadi Fakultas Syari'ah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Cabang Makassar. Kemudian menyusul penegerian Fakultas Tarbiyah UMI menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Cabang Makassar pada 1964. Kemudian Menyusul pendirian Fakultas Ushuluddin IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta cabang Makassar pada 1965.

Pada tahun 1965, tiga fakultas dimaksud telah ada di Makassar, yakni Fakultas Syari'ah, Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Ushuluddin, berstatus mandiri dengan nama Institut Agama Islam Negeri Al-Jami'ah al-Islamiyah al-Hukumiyah. Hingga, pada periode 2002-2006, IAIN Alauddin Makassar berubah menjadi (UIN) Universitas Islam Negeri Alauddinn Alauddin Makassar berdasarkan Peraturan Presiden (Perpres) Republik Indonesia No 57 tahun 2005 tanggal 10 Oktober 2005.