Universitas Islam Negeri (UIN) Walisongo secara resmi berdiri pada tanggal 6 April 1970 melalui Keputusan Menteri Agama RI No. 30 dan 31 tahun 1970. Pada awal berdirinya, Perguruan Tinggi Islam ini memiliki 5 fakultas yang tersebar di berbagai kota di Jawa Tengah, di antaranya Fakultas Dakwah di Semarang, Fakultas Syari'ah di Bumiayu, Fakultas Syari'ah di Demak, Fakultas Ushuluddin di Kudus, dan Fakultas Tarbiyah di Salatiga. Pendirian fakultas-fakultas Agama Islam di berbagai daerah tersebut dilakukan secara sporadis oleh para ulama sebagai representasi pemimpin agama dan para birokrat santri.

Tujuan didirikannya UIN Walisongo, tidak dapat dipisahkan dari kebutuhan santri di Jawa Tengah yang akan melanjutkan pendidikan pasca pesantren. Pasalnya, Jawa Tengah adalah daerah yang memiliki basis pesantren yang sangat besar. Dengan demikian, perlu adanya lembaga pendidikan tinggi yang mampu menjalankan tradisi pesantren, serta mampu melakukan diseminasi keilmuan, sebagaimana layaknya perguruan tinggi.

Para pendiri UIN Walisongo, memberi nama Walisongo sebagai simbol sekaligus spirit bagi dinamika sejarah perguruan tinggi agama Islam terbesar di Jawa Tengah ini. UIN Walisongo terkenal sebagai kampus yang mengembangan paradigma keilmuan Unity of Science, Wahdatul Ulum, atau Kesatuan Ilmu dengan metafora Intan Berlian Ilmu.