Universitas Khairun (UNKHAIR) bediri pada 15 Agustus 1964 di Ternate, Maluku Utara (Malut). Namun, status UNKHAIR baru secara legal terdaftar di tahun 1965 sebagai Perguruan Tinggi Swasta (PTS), melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) No. 100/B/SWT/1965 tanggal 15 Februari 1965. Kemudian, diubah statusnya menjadi Perguruan Tinggi Negeri (PTN) berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 18 Tahun 2004 tanggal 17 Maret 2004.

Di awal pendiriannya, UNKHAIR sempat tidak mendapat respon dari pemerintah Provinsi Maluku. Alasannya karena, ada kekhawatiran kalau Kabupaten Maluku Utara yang beribu Kota di Ternate akan berpisah dengan Provinsi Maluku yang beribukota di Ambon.

Namun, kampun ini tetap berdiri, berbekal 3 aspek, yaitu aspek ekonomi, aspek politik, dan aspek Sumber Daya Manusia (SDM). Dari aspek ekonomi, berdirinya UNKHAIR bertujuan untuk membantu para lulusan SMA dan sederajat yang secara ekonomi tidak dapat melanjutkan pendidikan ke luar Kota Ternate, karena terbatasnya pendapatan orangtua. Dari aspek politiknya, UNKHAIR dapat mendukung masyarakat dan pemerintah daerah untuk memajukan Provinsi Maluku Utara. Dan dari aspek SDM, UNKHAIR dibentuk karena ingin mempersiapkan lulusan perguruan tinggi yang berkualitas dan mampu mengelola pembangunan pemerintahan Provinsi Maluku Utara.

Hingga saat ini, UNKHAIR berperan semaksimal mungkin untuk meningkatkan kualitas pendidikan dan pembangunan daerah di Maluku Utara.