Universitas Musamus (UNMUS), awalnya berdiri dengan nama Sekolah Tinggi Teknologi Merauke (STTM). Pendirian Universitas ini, bermula dari adanya kebutuhan masyarakat Kabupaten Merauke akan pendidikan tinggi yang dapat meningkatkan kualitas sumberdaya manusia di wilayah Selatan Papua, khususnya Kabupaten Merauke dan sekitarnya, agar mampu menumbuhkembangkan potensi di wilayah Merauke. Hal tersebut mendapat respon positif dari pimpinan daerah Kabupaten Merauke yang kemudian membentuk Yayasan Pendidikan Anim Ha dengan Akte Notaris Nomor 12 Tanggal 26 Januari 2001.

Selanjutnya, melalui Yayasan Pendidikan Anim Ha, Pemerintah Daerah Kabupaten Merauke memprakarsai berdirinya Sekolah Tinggi Teknologi Merauke (STTM) dengan program studi Diploma Tiga (D3). Sekolah tinggi inilah yang menjadi cikal-bakal berdirinya Universitas Musamus. Berdasarkan keinginan yang kuat dari pemerintah daerah dan keseriusan pada pihak pengelola STTM pada saat itu, maka pada tahun 2006 STTM beralih status menjadi Universitas Musamus Merauke (UNIMMER) mealui SK Menteri Pendidikan Nasional Nomor 160/D/0/2006 tanggal 16 Agustus 2006.

Seiring berjalannya waktu, UNIMMER mendapat banyak masukan untuk melakukan proses pembenahan. Sehingga, pada tanggal 22 November 2010, bertempat di Auditorium Universitas Cenderawasih Jayapura, Presiden Republik Indonesia, Bapak DR. H. Soesilo Bambang Yudhoyono meresmikan Universitas Musamus (UNMUS) menjadi Perguruan Tinggi Pemerintah, yang ditandai dengan penandatangan Prasasti.