Universitas Negeri Yogyakarta merupakan pengembangan dari Institut Keguruan dan Ilmu Kependidikan (IKIP) Yogyakarta. UNY didirikan pada 21 Mei 1964 yang diresmikan oleh Menteri Pendidikan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP).

Perkembangan IKIP Yogyakarta sendiri dimulai dengan menyediakan enam fakultas, di antaranya Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Fakultas Pendidikan Bahasa dan Seni (FPBS), Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FPMIPA), Fakultas Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (FPIPS), Fakultas Pendidikan Teknologi dan Kejuruan (FPTK), dan Fakultas Pendidikan Olahraga dan Kesehatan (FPOK).

Tahun 1984, lembaga kependidikan ini berkembang cukup pesat karena telah menyediakan sebanyak 36 program studi. Kemudian, pada 20 Juni 1996, dikeluarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi Depdikbud yang menetapkan IKIP Yogyakarta berubah kelembagaan menjadi Universitas Negeri Yogyakarta (UNY).

Pada tahun 2007, survei dari Ditjen Dikti RI menyatakan bahwa UNY merupakan satu-satunya Lembaga Pendidikan Tenaga Kependidikan (LPTK) di Indonesia yang layak masuk ke kelas dunia, di antara 20 universitas lainnya. Oleh karena itu, UNY segera membentuk tim Pengembang UNY menuju World Class University (WCU) yang bertugas menyiapkan kisi-kisi instrumen pengembangan UNY menuju WCU.