Universitas Nusa Cendana (Undana) dibangun atas dasar cita-cita besar masyarakat NTT untuk mendapatkan pendidikan tinggi yang lebih layak. Oleh karena itu, dibentuklah Panitia Inti Pendirian Universitas Negeri di Kupang, yang diketuai oleh Gubernur NTT yang menjabat, yaitu W. J. Lalamentik.
Selanjutnya, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan No. 111 Tahun 1962, pada tanggal 28 Agustus 1962, ditetapkanlah berdirinya Universitas Negeri yang berkedudukan di Kupang. Universitas ini terdiri dari 4 fakultas, di antaranya Fakultas Pertanian, Fakultas Peternakan, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, serta Fakultas Ketatanegaraan dan Ketataniagaan.
Pada tanggal 9 Desember 1963, ditetapkan bentuk pimpinan universitas, berdasarkan SK Menteri: PTIP No. 162/MP/63, tanggal 14 Februari 1962 dan SK No. 12555/MP/1963. Disamping itu, dibentuk pula Yayasan Univeristas yang dipimpin oleh W. C. H. Oematan. Berdasarkan SK Presiden RI No. 67 Tahun 1963, tepatnya di tanggal 23 April 1963, universitas negeri yang baru berdiri itu diberi nama Universitas Nusa Cendana (Undana). Nama tersebut dipilih dari tiga nama yang diusulkan panitia, yakni Nusa Cendana, Paraja, dan Liurai.
Secara bertahap, beberapa fakultas telah dibuka menyusul fakultas-fakultas yang telah dibuka sebelumnya. Hingga saat ini, Undana memiliki 47 program studi S1, 8 program studi S2, dan 2 program studi S3. Dalam perkembangannya, saat ini Undana telah menghasilkan lebih dari 45 ribu alumni yang menyebar di berbagai kawasan di Indonesia, terutama di NTT sendiri, dan mengisi lowongan birokrasi, bahkan mendominasi berbagai eselon di tingkat Provinsi dan Kabupaten/Kota di NTT.