Berdirinya Universitas Pattimura (UNPATTI dilatarbelakangi oleh keprihatinan beberapa tokoh masyarakat setempat. Mereka sepakat untuk memprakarsai berdirinya suatu lembaga Pendidikan Tinggi di Maluku. Oleh karena itu, dibentuklah Yayasan Perguruan Tinggi Maluku Irian Barat pada 20 Juli 1955 oleh seorang tokoh pendidikan, yaitu Dr. J. B. Sitanala. Pada 3 Oktober 1956, yayasan tersebut mendirikan Fakultas Hukum.

Berdirinya Fakultas Hukum inilah yang kemudian dijadikan sebagai hari lahirnya Universitas Pattimura. Seiring dengan berjalannya waktu, Yayasan Perguruan Tinggi Maluku Irian Barat juga mendirikan beberapa Fakultas lain, seperti Fakultas Sosial dan Politik serta Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan.

Pada 1 Agustus 1962, yayasan ini kemudian diresmikan menjadi Universitas Negeri. Selang satu tahun, melalui Surat Keputusan Presiden (KEPRES) nomor 66 Tahun 1963, pada 23 April 1963, Universitas Negeri ini disahkan dan berganti nama menjadi Universitas Pattimura (UNPATTI). Beberapa fakultas baru juga mulai dibuka. Selain itu, ada juga beberapa fakultas yang berganti nama. Pada 2016, UNPATTI telah memiliki 57 program studi yang terbagi dalam 9 fakultas. Mayoritas program studinya juga telah mendapat akreditasi B dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT).